國家對于合同能源管理的項目主要有兩類優惠，一個是稅收優惠，一個國家財政補貼。企業通過合同能源管理模式進行節能改造后可獲國家的財政補貼事項：
稅收優惠：營業稅、增值稅、所得稅有不同的門檻及優惠政策
(1) 營業稅&增值稅：
條件：詳見財稅[2010]110
節能服務公司實施合同能源管理項目相關技術應符合國家質量監督檢驗檢疫總局和國家 標準化管理委員會發布的附件2-《合同能源管理技術通則》(GB/T24915-2010)規定的技術要求;
節能服務公司與用能企業簽訂《節能效益分享型》合同，其合同格式和內容，符合《合同法》和國家質量監督檢驗檢疫總局和國家標準化管理委員會發布的附件2-《合同能源管理技術通則》(GB/T24915-2010)等規定。
優惠：營業稅應稅收入免受營業稅;增值稅應稅貨物轉讓給用能企業，免征增值稅。(好像主要是針對轉讓設備時的交易)
(2) 企業所得稅
條件：詳見財稅[2010]110
具有獨立法人資格，注冊資金不低于100萬元，且能夠單獨提供用能狀況診斷、節能項目設計、融資、改造(包括施工、設備安裝、調試、驗收等)、運行管理、人員培訓等服務的專業化節能服務公司;
節能服務公司實施合同能源管理項目相關技術應符合國家質量監督檢驗檢疫總局和國家標準化管理委員會發布的《合同能源管理技術通則》(GB/T24915-2010)規定的技術要求;
節能服務公司與用能企業簽訂《節能效益分享型》合同，其合同格式和內容，符合《合同法》和國家質量監督檢驗檢疫總局和國家標準化管理委員會發布的《合同能源管理技術通則》(GB/T24915-2010)等規定;
節能服務公司實施合同能源管理的項目符合《財政部 國家稅務總局國家發展改革委關于公布環境保護節能節水項目企業所得稅優惠目錄(試行)的通知》(《財稅[2009]166號》)“4、節能減排技術改造”類中第一項至第八項規定的項目和條件;
節能服務公司投資額不低于實施合同能源管理項目投資總額的70%;
節能服務公司擁有匹配的專職技術人員和合同能源管理人才，具有保障項目順利實施和穩定運行的能力.
優惠：第一至第三年免征，第四至第六年按照25%的法定稅率減半。
稅收減免的補充說明見2013年第77號文，所得稅優惠需向主管稅務機關事先備案。備案時間為：節能服務企業應在項目取得第一筆收入的次年4個月內。
備案需提供資料：
(1)減免稅備案申請;
(2)能源管理合同復印件;
(3) 國家發展改革委、財政部公布的第三方機構(具體名錄見第三方節能量審核機構目錄)出具的《合同能源管理項目情況確認表》，或者政府節能主管部門出具的合同能源管理項目確認意見;
(4)《合同能源管理項目應納稅所得額計算表》;
(5)項目第一筆收入的發票復印件;
(6)合同能源管理項目發生轉讓的，受讓節能服務企業除提供上述材料外，還需提供項目轉讓合同、項目原享受優惠的備案文件。
【政府補助】
國家出臺《合同能源管理項目財政獎勵資金管理暫行辦法》，規定了最低補貼額度(300元/噸標準煤)，具體的細則和補貼金額下放給省級節能主管機構(不同地區的補貼額度不同，比如天津是360元/噸標準煤，湖北就只有300)。補助的申請需在項目所在地申請，申請時所需的國家審核備案文件則需要在節能服務公司的注冊地申請。
一般情況下，申請財政獎勵的項目需達到的條件主要是以下4條，不排除個別省有額外要求的可能：
(1)節能服務公司投資70%以上,并在合同中約定節能效益分享方式;
(2)單個項目年節能量(指節能能力)在1OO0O噸標準煤以下、100噸標準煤以上(含100噸),其中工業項目年節能量在500噸標準煤以上(含500噸);
(3)用能計量裝置齊備,具備完善的能源統計和管理制度,節能量可計量、可監測、可核查;
(4)符合國家和本市相關政策支持的項目。
申請資料包括：
(1)財政獎勵資金申請文件;
(2)合同能源管理項目簡介;
(3)節能服務公司營業執照、國家審核備案文件、會計師事務所審計的上一年度的報告(僅節能服務公司提供);
(4)合同能源管理項目合同原件;
(5)是否享受政府其他資金補助等需要說明的情況。目前需要提供國家審核備案文件。該補貼暫時處于停滯發放狀態。
審核備案需要向公司注冊地發展改革部門提出申請，申請企業條件一般為以下4點：
(1)具有獨立法人資格，以節能診斷、設計、改造、運營等節能服務為主營業務，具備提供優質高效節能服務的質量保證體系;
(2)注冊資金 500 萬元以上(含 500 萬元)，具有較強的融資能力，能夠提供持續穩定的節能服務;
(3)經營狀況和信用記錄良好，財務管理制度健全;
(4)擁有匹配的專職技術人員和合同能源管理人才，具有保障項目順利實施和穩定運行的能力。
